沖縄三育中学校はキリスト教教育を行なっています。生徒は毎日、祈り、聖書を読み、礼拝を捧げます。神様という見えない存在を大切にし、自らの人生の中心とする人物を育んでいます。
沖縄三育中学校が重きを置く『見えない学力』とは、自然体験学習を通して得られる感受性、状況判断力、自己管理能力、探究心。寮教育を通して得られる協調性、コミュニケーション能力、主体性。信仰教育を通して得られる自己肯定感、道徳心、ぶれない価値観等です。この様な『見えない学力』を育み、現代社会に必要な人物を育成いたします。